Академия Ўзбекистон мусулмонлари идораси муассислигидаги диний ва дунёвий таълим берувчи нодавлат таълим ва илмий-тадқиқот муассасаси бўлиб, Республикада фаолият олиб бораётган олий ва ўрта махсус диний таълим муассасаларини юқори малакали илмий кадрлар билан таъминлайди.
Шунингдек, тайёрланаётган мутахассисларнинг илмий ва касбий салоҳиятини ошириш, қуръоншунослик, тафсир ва фикҳ, ҳадисшунослик, калом илми йўналишлари бўйича магистрларни, етук илмий ва илмий-педагог кадрларни тайёрлаш Академиянинг асосий вазифасидир.
Бундан ташқари, Академия заминимиздан етишиб чиққан буюк аллома ва мутафаккирларнинг бой илмий меросини, ислом дини ривожига улкан ҳисса қўшган жаҳон алломаларининг асарларини ўрганиш, илмий-тадқиқот ишларини олиб бориш, дин ниқоби остида ҳаракат қилаётган турли экстремистик оқим ва йўналишларнинг бузғунчи ғояларига қарши илмий раддиялар тайёрлаш ва бошқа бир қатор муҳим вазифалар билан ҳам шуғулланади.
