В последние годы кардиохирург осуществлял свою деятельность в Национальном институте сердечнососудистой хирургии имени Н.Амосова Академии медицинских наук Украины.
Отметим, что К.Бабаджанов впервые в Узбекистане внедрил практику операций Фонтена, Глена и Биглена, артериальное переключение при сложных врожденных пороках сердца, аортокоронарное шунтирование на работающем сердце при ишемической болезни сердца.
В 2002 году Указом Президента страны ему было присвоено звание «Заслуженного работник здравоохранения Узбекистана».
За годы своей трудовой деятельности ученый основал кардиохирургический центр в Университетском клиническом госпитале в Лусака (Замбия), где провел более 200 операций, связанных с патологией сердца.
В общей сложности заслуженный медик провел 8000 операций на открытом сердце при различных патологиях: протезирование митральных и аортальных клапанов, двухклапанное протезирование, радикальные корреляции Тетрады Фалло и другие сложные врожденные пороки.
Подготовил 6 кандидатов и одного доктора медицинских наук и имеет 271 публикацию в различных медицинских изданиях и одну монографию «Анестезиологическое обеспечение и интенсивная терапия в детской кардиохирургии».